2014年11月13日，英国Nature出版集团（Nature Publishing Group）首次正式发布全球前200名科研机构与高校的自然指数（Nature Index）情况。在全球排名前100的国家中，中国的自然指数仅次于美国，位列世界第二位。考虑到中国科研成果的显著，12月18日，《Nature》杂志再次以特别增刊的形式推出了中国前200名科研机构与高校的中国自然指数“Nature Index: 2014 China”调查，自然指数显示东南大学物理学科在大陆高校中排名第16位。2015年3月25日Nature出版集团公布第二期自然指数，东南大学物理学科在大陆高校中排名上升至第12位。
自然指数的数据库追踪了约6万篇优质科研论文的作者单位信息，涵盖全球2万多家科研机构和高校。纳入自然指数的论文取自68种自然科学类期刊，其中物理学科包括23种期刊，都是被科研人员认定为最好科研成果的期刊。
《Nature》执行主编暨Nature出版集团大中华地区总监尼克坎贝尔（Nick Campbell）说：“自然指数以一种独特的视角反映了中国科研的持续成长，尤其是高质量科研产出的增长……自然指数提供了一个评价科研论文及其贡献机构的新方法……”